色譜法的分離原理是利用混合物中各組分在流動相和固定相中具有不同的溶解-解析能力、吸附-脫附能力，或其他親和作用力的差異，當(dāng)兩相作相對運(yùn)動時(shí)，樣品各組分在經(jīng)過固定相時(shí)發(fā)生吸附、分配、離子吸引、排阻、親和的大小、強(qiáng)弱不同，從而在固定相中滯留時(shí)間不同，這些反復(fù)多次的作用，從而使混合物各組分獲得互相分離。 在實(shí)際分析過程中，液相色譜儀流動相與色譜柱的溫度，影響著組分的分離平衡，對于使用柱溫箱的有益之處有以下幾點(diǎn)：
1.可以使保留時(shí)間相對恒定，對需要進(jìn)行的定性鑒別可提高其可信度；
2.保留時(shí)間的重復(fù)性是色譜分析進(jìn)行定量的基礎(chǔ)，這一點(diǎn)在色譜儀檢定規(guī)程中有嚴(yán)格的要求。不同的保留時(shí)間不僅不能判斷其成份的一致性，同時(shí)，由于保留時(shí)間不同峰面積也必將發(fā)生變化，其檢測結(jié)果的可信度將受質(zhì)疑。
3.溫差較大時(shí)，因保留時(shí)間不穩(wěn)將增加檢測工作的復(fù)雜性。
4.溫度低的時(shí)候，因流動相黏度增加而使檢測時(shí)間延長，同時(shí)增加泵的磨損，影響設(shè)備的使用壽命。
5.如果溫度過低也可能出現(xiàn)堵塞高壓恒流泵、管路、進(jìn)樣閥、色譜柱的現(xiàn)象。其原因就是溫度低溶解度相對下降而出現(xiàn)緩沖鹽結(jié)晶。
6.溫度低時(shí)還因溶解度下降使雜質(zhì)吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。
